À l’invitation de plusieurs associations religieuses chrétiennes, le directeur de l’Institut Religioscope s’est exprimé sur des sujets variés dans la région lausannoise. Les thèmes abordés ont donné lieu à des débats nourris.
Le 28 janvier 2017, Jean-François Mayer a répondu à l’invitation de l’église adventiste de Lausanne pour sa journée de la liberté religieuse. À la demande des organisateurs, il s’est exprimé sur le thème : « Quelle liberté pour quelle société ? De la Réforme au laïcisme ». Aujourd’hui en Europe, a rappelé l’orateur, les défis qui se poseront probablement en matière de liberté religieuse dans les années à venir ne seront guère des discriminations exercées par une institution religieuse établie envers des communautés religieuses minoritaires, mais relèveront plus vraisemblablement de la définition de nos identités et de la place des religions dans un environnement marqué par la sécularisation.
Le 9 février 2017, Jean-François Mayer a été l’invité de la société vaudoise de théologie, dans le cadre de son séminaire 2017, consacré au « défi des radicalismes religieux ». Le thème traité par le directeur de l’Institut Religioscope était « Engagements radicaux : les croyances de l’extrême ». Illustrant son propos par des exemples variés durant la matinée qu’il a animée, le conférencier s’est efforcé de clarifier le concept de radicalisme et de mettre en lumière les interactions entre traits psychologiques, environnements personnels et contextes politiques et sociaux qui interagissent dans un processus de radicalisation — sans négliger la dimension des croyances et la séduction que peut exercer leur cohérence sous des formes extrêmes.
Le 16 février 2017, Jean-François Mayer a parlé à Crissier, dans le cadre des Conférences régionales œcuméniques. Le thème du cycle était « La Réforme – et après ? » en cette année anniversaire. Le directeur de l’Institut Religioscope avait été invité à élargir les perspectives aux mouvements réformateurs à traves les cultures et traditions religieuses. Son intervention avait pour titre : « Religions et réformes : défis et enjeux ». Cela a été l’occasion d’évoquer une fois de plus le complexe rapport des réformes religieuses avec le passé : « l’aspiration réformiste peut s’inscrire sur différentes positions d’un spectre qui va de l’immutabilité d’une religion éternelle à la revendication d’une religion contextualisée », a conclu Jean-François Mayer avant de répondre aux questions de l’auditoire.